El signo de la diferencia de potencial en las fuentes no tiene nada que ver con el sentido de la corriente que las atravieza, sino mas bien con el sentido en el cual recorres la malla, que es otra cosa. Según el criterio de signos con el que yo trabajo, al recorrer la malla y atravezar una fuente de negativo a positivo, la diferencia de potencial es positiva (puesto que estás pasando del borne negativo, que está a menor potencial, al borne positivo, a un potenicial superior). Consistente con este criterio, si al recorrer la malla consigues una corriente en un resistor, la diferencia de potencial será positiva si atraviezas el resistor en contra de la corriente, es decir, de menor potencial a mayor potencial (no hay que olvidar que la corriente se dirige de los potenciales altos a los bajos). He mirado de nuevo la ecuación que mencionas y la encuentro correcta, consistente con la consideraciones que acabo de escribir.
Tal vez vale la pena mencionar que algunos autores (libros, profesores) hacen exactamente lo opuesto a lo que yo acostumbro hacer. El resultado que se obtiene es el mismo, pues el efecto de aplicar una convención de signos opuesta es multiplicar toda la ecuación por -1, de manera que no se altera pues está igualada a cero. Habría una discrepancia en el signo, eso si, cuando se trate de determinar la diferencia de potencial entre dos puntos. Por ejemplo, según los criterios y notación que yo manejo, escribiría que , resultando el punto "b" a menor potencial que el "a"; otros dirían que , resultando el punto "a" a mayor potencial que el "b"... por aquí decimos que es "el mismo musiú con distinta cachucha"

Saludos,
Al
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